杨正元出生于普洱县德化区那迁乡一户殷实的农民家庭，自幼天资聪慧，18岁时以优异的成绩考入云南省立普洱第四师范学校，因不满学校的封建礼教，反抗其守旧势力而遭到校方的“勒令退学”。1925年春，杨正元考入北京大学农学系院，在这里，他结识了滇籍同学共产党员李鑫，并经李鑫介绍加入了“革新社”（后改为“新滇社。新滇社是共产党的外围组织”）。杨正元入社后，积极参与社内的各项活动,并于1925年秋加入了中国共产党，实现了他多年的愿望。1927年2月，杨正元等十多名同志被中共广东区委派回云南。杨正元被省特委指派同杨大经筹建国民党昆明市党部。被选为国民党昆明市临时执行委员会委员。左派国民党组织建立起来后，云南地下党利用这一组织进行公开活动。杨正元以满腔的革命热情开展工作，在此期间，他除做昆明市党部的工作外，还兼做工人工会的工作，亲自帮助建立了昆明市理发业工会和缝纫业工会。他还参与和发动组织了由地下党领导、国民党公开号召的“三·八”、“三·一二”、“三·一八”、“五·一”等革命纪念日活动，举行了声势浩大的群众集会和游行，掀起了云南革命形势的高潮。“四·一二”反革命政变后，龙云秉承蒋介石的旨意，于5月11日突然封闭云南国民党左派党部，逮捕了共产党员和国民党左派知名人士二十多人，杨正元也在其中。杨正元受审讯时，他发现在场的人没人认识他，就假报自己是墨江人，来昆读书，无故被捕，遂得以释放。他逃脱魔掌后迅速同省特委领导人一起，发动各界群众罢工发表宣言，张贴标语、散发传单组织请愿，抗议非法逮捕人员。后来，杨正元在王德三带领下又潜赴蒙自进行工作，促成了胡若愚发动“六·一四”政变，扣留龙云，释放了被国民党关押的同志。7月，国共合作的统一战线完全破裂，国民党右派一伙反动分子四处搜捕杨正元等人。机智的他曾两次巧妙化装逃脱敌人的魔掌。由于杨正元公开露面较多，引起敌人注意，且已多次被捕，中共云南特委决定派他回家乡思普区开展革命活动并担任思普区地下党的领导。

1927年9月，杨正元肩负党的重任回到阔别数载的家乡—普洱。他以普洱、墨江为重点开展活动首先在普洱省立四师青年努力会中发展党团组织；在城市和农村普遍发展互济会会员，使之成为党的外围组织，扩大党的群众基础。这年12月，杨正元在云南特委扩大会议上被选为中共云南临时省委委员，负责思普区党的工作。回到普洱后，于1928年建立了中共宁洱特别支部，1926年建立了中共宁洱县委，杨正元任县委书记。同时在德化、勐先、大山等地的少数民族村寨和普洱城附近农村以及省立四师建立了秘密革命团体“互济会”，会员近千人。除大量的地下组织活动外，杨正元还组织学生演出讽刺官府，宣扬革命的节目。由于杨正元艰苦卓绝的工作，使党在思普区开辟了拥有广泛群众基础的工作区域。1931年1月，杨正元得知省临委遭到破坏，负责人英勇就义的情况后，迅速召开会议研究对策。决定准备武装暴动，推翻反动政权。杨正元组织农民暴动的一系列活动引起了敌人的注意。国民党宁洱县政府在得到密报后赶往德化那迁，包围了杨正元住处。杨正元不幸被捕。杨正元在狱中大义凛然，坚贞不屈，任敌人软硬兼施，都枉费心机。4月30日，杨正元终因伤势严重得不到治疗，加上敌人的残酷刑讯逼供，惨烈牺牲于敌人监狱中。时年仅29岁。为了思普人民的解放，共产党员杨正元第一个用鲜血祭献了崇高的事业。